【2025年最新】システム開発に利用可能な補助金｜選び方と注意点、採択事例をご紹介

DX (デジタルトランスフォーメーション) の推進や業務効率化のニーズが高まる中で、システム開発を検討する際に、「高額な費用がネックになってしまい、なかなか踏み出せない」といった悩みを抱えてはいませんか？
そのような中小企業や小規模事業経営の方は、補助金制度を有効活用することで、アプリ開発やシステム開発にかかる費用が補助されます。
システム開発で使える中では、IT導入補助金・ものづくり補助金・事業再構築補助金・小規模事業者持続化補助金・業務改善助成金があります。これらを利用することで開発のコストを最小限に抑え、費用対効果が得られやすくなります。

そこで、この記事ではシステム開発で利用できる補助金制度の概要や選び方について詳しく解説します。各々の採択事例や利用の注意点、申請手続きから交付までの手順もご紹介します。
補助金活用を検討中の方や、最新情報を知りたい方はぜひ最後までお読み下さい。

システム開発に使える補助金の選び方①｜まずは基本を解説

システム開発には大きなコストがかかり、費用の負担を抑えるために補助金制度の活用を検討する企業や事業経営の方も多いです。
システム開発で利用できる補助金・助成金制度は、以下の通り5つの種類があります。

ここでは、システム開発で活用できる補助金制度の概要、それぞれの目的・目標に沿った補助金の選び方・DXの補助金の使い道・システム開発の費用相場について詳しく解説します。

DXの補助金の使い道（ツールへの投資、ツール以外の活用）

DX (デジタルトランスメーション) を推進する補助金には、ツールへの投資だけにとどまらず、ツール以外の活用にも対応可能です。それぞれの具体的な使い道で代表的なものを挙げると、以下のものがあります。

ツールへの投資	ツール以外の活用
・クラウド型業務管理システム(ERP・SFA・CRMなど) ・会計システム ・顧客管理システム ・オンライン予約システム ・オンライン決済システム ・ECサイト構築ツール (ECシステム) ・受発注管理ツール ・インボイス (適格請求書等保存方式)　対応システム ・従業員の勤怠管理・労務管理ツール	・DX推進に関わるコンサルティング費用 ・ツールやシステムを活用するための従業員向けの研修費用

システム開発の費用相場

システム開発で代表的のものを挙げると、簡易顧客システム・Webシステム・業務システム・オーダーメイド業務システムがあります。

▼各システムの平均費用相場

システムの種別	費用相場	具体的な内容・機能
簡易顧客システム (CRM)	50万円 ～ 150万円程度	・顧客情報管理 ・お問い合わせ履歴管理データ出力など
Webシステム	40万円 ～ 600万円程度	・ECサイト ・予約サイト ・商品登録 ・カート機能 ・決済システム ・マイページ ・会員登録システムなど
業務システム	60万円 ～ 500万円程度	・受発注管理 ・在庫管理 ・データ分析 ・帳簿データの出力
基幹システム (オーダーメイドシステム）	250万円 ～ 3,000万円程度	・生産管理・顧客管理・販売管理の連携による大規模なシステム

▼システム規模別の平均費用感

小規模なツール導入（簡易ツールなど）	50万円～150万円
中規模なツール導入（業務用・社内向け）	150万円 ～400万円程度
大規模なシステム開発（自社の事業全体を支える基幹システムなど）	500万円～数千万円

システム開発に使える補助金の選び方②｜どれを選ぶべき？ひとつずつ徹底解説

【2025年度の最新情報】各補助金の概要（対象者、補助額・補助率、対象経費）

自社の目的やニーズに見合う補助金選びのために、各補助金の制度の対象者・補助額・補助率・対象経費についてまとめます。

保樹金の種別	対象者	補助額 (補助率)	対象経費
IT導入補助金	中小企業、小規模事業者	上限450万円(1/2・2/3)	・事務局に登録されたITツールの導入費用 ・設定費用 ・クラウド費用
小規模事業者持続化補助金	小規模事業者	上限200万円(2/3)	・販路拡大に関わる費用(システム開発・チラシやパンフレットなどの紙媒体の販促ツール・Web広告・Webサイト・新商品開発費用・展示会出展・店舗改装)
事業再構築補助金	中小企業	上限7,000万円～1億5,000万円(2/3)	新事業の立ち上げに必要な費用(システム導入費用・外注費・技術導入費・広告宣伝費・研修費・設備費・人件費)
ものづくり補助金	中小企業	上限1,250万円 ～ 4,000万円(1/2・2/3)	業務改善や生産性向上に関わる費用(システム開発・機械設備費用)
業務改善助成金	中小企業	上限600万円(3/4・4/5・9/10) ※助成率は事業所内の最低賃金額によって決定	業務効率化のための機器導入やシステム開発の費用(POSレジシステム・車両・経営コンサルティング・店舗改装・ハードウェアなど)

「IT導入補助金」：指定のITツールの導入を検討している方におすすめ

指定のITツールの導入を検討している中小企業や小規模事業者には、IT導入補助金が適しています。
IT導入補助金 (サービス等生産性向上ＩＴ導入支援事業費補助金) とは、中小企業や小規模事業者を対象とし、ITツールを導入する際にかかる費用の一部を賄う制度です。
IT導入補助金の対象となる主なITツールは、業務効率化・間接業務自動化の目的で新たに導入するソフトウェアや、クラウドサービスなど。

「事業再構築補助金」：新規事業や新サービスの開発のためにシステム開発を行いたい方におすすめ

新規事業で新サービス開発を目的としたシステム開発を行う場合は、事業再構築補助金が適しています。
現在展開している事業とは別に、新しい事業の業態転換や事業転換を図る中小企業を支援するための補助金制度として、大きな注目を集めています。

この補助金制度ではシステム開発にかかる費用だけにとどまらず、設備費・人件費・広告宣伝費など、新規事業を立ち上げるために関わる必要経費が補助の対象となっています。他の補助金制度と比較すると、補助の対象範囲が広いのが大きな特徴。新規事業にかかるその他の経費まで幅広く補助金の対象にしたい企業や事業者にとって有利です。
ただし、事業再構築補助金を申請する際には、金融機関または認定経営革新等支援機関から事業計画について確認を受けることが必須要件となります。事業計画書の完成度の高さが審査結果を大きく左右します。

「小規模事業者持続化補助金」：販促のためや売上アップのためにシステム開発を行いたい方におすすめ

販促活動や売上アップを目的としたシステム開発を検討している場合は、小規模事業者持続化補助金が適しています。
小規模事業者持続化補助金とは、販路開拓を支援する取り組みとして商工会・商工会議所が提供する補助金制度です。小規模事業者持続化補助金は、他の補助金制度と比較すると申請手続きがスムーズで、自分自身で事業計画書を作成して申請手続きを行うケースが多いのも特徴です。

システム開発をはじめとするIT事業の場合は、ECサイト構築・予約システムの導入など、売上の向上や販促・販路開拓に直結させることを目的としたものが対象となります。
小規模事業者持続化補助金の対象となるのは、常時使用する従業員数20人以下の小規模事業者で、個人事業主であっても、商工業者に該当する事業者なら対象となります。
ただし、宿泊業・娯楽業を除く商業・サービス業の場合は、常時使用する従業員数5人以下が小規模事業者となります。商工会に所属している事業者であれば、補助金活用に関して相談に応じてもらえるため、適切なサポートを受けることができます。

「ものづくり補助金」：既存事業の改善のためにシステム開発を行いたい方におすすめ

システム開発で既存事業の改善を目的とする企業や事業者には、ものづくり補助金の活用が適しています。
ものづくり補助金とは、生産性の向上・革新的な製品やサービスの開発・業務プロセス改善を支援する国の補助金制度です。正式名称は「ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金」で、サービス業や小売業など多彩な業種向けの補助金制度です。

システム開発の場合は、サービス品質の向上や業務効率化かかる経費まで幅広く補助対象となっています。システム開発費用と、システム開発にともなう技術導入費・広告宣伝費・設備導入費も対象経費として認められるのが大きな特徴です。
ものづくり補助金を活用する際には、とくに認定支援機関による確認は必須要件ではありません。申請手続きで不明な点がある場合は、認定支援機関から適切なサポートを受けることで事業計画書の完成度が高くなり、採択されやすくなります。

「業務改善助成金」：社員の処遇改善に取組みたい

従業員の処遇改善に取り組みたい中小企業には、業務改善助成金の活用が適しています。
業務改善助成金とは厚生労働省による助成金制度で、従業員の最低賃金を引上げるための生産性向上に取り組む中小企業を支援することを主な目的としています。
他の補助金制度では採択制となっていますが、この助成金制度では一定以上の条件を満たしていれば、原則として受給できるのが大きな特徴です。

「最も低い賃金の従業員の基本給を30円以上引上げること」が助成対象となっていて、この条件を満たすことで、従業員の賃上げにかかる業務改善費用について助成金が支給されます。採択率が高く、手堅く確実に受給できる制度を活用したい中小企業に最適。地域の最低賃金に近い水準で従業員を雇用している事業者にとっては、有利な助成金制度です。
生産性の向上を目的とした設備投資が主な対象であるため、この助成金生徒度を有効活用することで売上や利益の向上効果が期待されます。これによって賃上げを実現することで従業員の満足度やモチベーションが上がり、労働力の質の向上にも直結して、プラスαの相乗効果が期待できます。

【注意】システム開発に使えるのはいずれか1つまで

システム開発で補助金を活用する際には、IT導入補助金・事業再構築補助金・ものづくり補助金・小規模事業者持続化補助金、さらに助成金制度を含めると業務改善助成金の5つの選択肢がありますが、その中から1つだけを選びます。
1つの開発プロジェクトに対して申請できる制度は1つだけに限定されるのが、補助金・助成金活用における基本的なルールで、複数の補助金・助成金制度を併用することは不可となります。

具体的な事例を挙げると、同一のシステム開発で補助金制度を活用したい場合に、「ものづくり補助金」と「IT導入補助金」の両方に申請手続きを行ったことが発覚した場合は、不正行為とみなされ、「交付取り消し」となります。補助金の受給後に発覚した場合は、「補助金を不正受給した」ものとみなされることがあります。
万が一、補助金の不正受給が発覚した場合は、事業者名などが公表されることがあります。すでに受け取った補助金の全額に延滞金などを加算した金額が請求され、納付期限までに返還しなければなりません。

申請手続きを行う前には各補助金制度の公募要領・趣旨・対象となる事業について、中身をしっかり理解した上で最適な補助金をお選び下さい。

システム開発に関する補助金の採択事例をご紹介

ここでは、システム開発に関する補助金の採択事例をご紹介します。新たに導入したシステムの内容や使い道、導入後の変化・成果についてお伝えします。

IT導入補助金の採択事例

時計総合卸業 | 会計ソフトの導入で経営戦略の指針に

業種	時計総合卸業
対象類型 / 事業類型	セキュリティ対策推進枠 / デジタル化基盤導入枠（デジタル化基盤導入類型）
目的・課題・経緯	会計ソフト導入前は税理士に会計業務を一任してきたが、その都度データを確認できないのが不満
行ったこと	IT導入補助金を活用し、会計業務の効率化を目指して会計ソフトを新たに導入
期間	会計ツールの選定から申請までの期間は2ヶ月から3ヶ月、交付決定後から導入までの期間は3ヶ月程度
結果	年間経費の予測がスムーズになり、商品がどんなタイミングで売れているか正確に把握できるため販売戦略も立てやすくなった
参照	株式会社後藤

広告代理店 | IT補助金活用でコロナ禍を乗り切る英会話レッスンのオンラインサービス

業種	広告代理店
対象類型 / 事業類型	デジタル化基盤導入類型
目的・課題・経緯	タウン誌などオフライン媒体の制作がメインでしたが、コロナ禍以降はオンライン化が急速に進み、広告主とオンライン上でのやりとりが主流になってきた
行ったこと	IT導入補助金を活用し、オンラインレッスン予約システムを導入して新しいサービスとしてオンライン英会話レッスンの展開をスタート
結果	今後は英語に限らず韓国語・中国語など、対応言語数を増やし、さらには絵画教室など多彩なジャンルのオンライン教育サービスにも幅を広げようとしている
参照	株式会社シンク

事業再構築補助金の採択事例

卸売業・小売業 |食品アップサイクルのサプライチェーン構築でオンライン受注システムを開発

業種	卸売業・小売業
目的・課題・経緯	フードロス削減と「大切な食資源として活かす」ため
行ったこと	事業再構築補助金を活用し、本来なら廃棄される食材を有効活用して付加価値のある新しい商品に生まれ変わらせる「食品アップサイクルのサプライチェーンの構築」に乗り出した
結果	さらに、外食事業者や食品メーカー向けに販売するオンライン受注システムとして、新しいプラットフォームシステムを導入
参照	ＩＣＳ－ｎｅｔ株式会社

製造業 | 無人化稼働システムの導入で新しい市場に進出

業種	製造業
行ったこと	事業再構築補助金を活用し、長年培ってきた真鍮材 (しんちゅうざい) の加工技術とロボットによる自動化テクノロジーの強みを発揮して、夜間無人の自動化システムを構築
結果	クオリティの高い止水栓部品を製造したことで原価を削減して価格競争力を高め、新しい市場に進出
参照	株式会社石原精機製作所

小規模事業者持続化補助金の採択事例

小売業 | 海外からの注文に対応可能なWebサイト構築や決済完了システム導入で受注が増えた

業種	小売業
行ったこと	小規模事業者持続化補助金を活用して、海外からの注文を請けるため、Webサイト構築ではモバイルフレンドリーにも対応
結果	・決済完了システムを導入したことで、Webサイトへのアクセス数が2倍に増え、海外からのアクセスは200件以上に増加 ・Webサイトからの受注が増えたことで、年間の売上目標50万円の達成が可能となった
参照	https://www.tohoku.meti.go.jp/s_cyusyo/topics/pdf/h29casestudy.pdf

畳製造業 | 自社のWebサイト制作と畳受注システムを構築して受注件数が増えた

業種	畳製造業
目的・課題・経緯	新規顧客を開拓するため
行ったこと	・自社のWebサイトを制作 ・施工事例や相談内容を掲載して、スマホやタブレットでも快適に閲覧できるよう対応して、お問い合わせフォームも入力しやすいように工夫 ・県外の協力店とのネットワークを有効活用して、特定のエリアに関係なく受注可能な畳受注システムを構築
結果	Webサイト公開から1ヶ月程度でお問い合わせ数23件のうち受注件数は6件で、売上が増えた上に「好みに合わせて畳を注文できる」とユーザーからの反響も好評
参照	https://www.tohoku.meti.go.jp/s_cyusyo/topics/pdf/h29casestudy.pdf

ものづくり補助金の採択事例

電化工業会社｜生産体制のIT化

業種	電化工業事業
補助事業名・対象類型 / 事業類型	補正ものづくり・商業・サービス経営力向上支援補助金、革新的サービス / 一般型
目的・課題・経緯	・コロナ禍以降のビジネスモデル転換で生産体制のIT化 ・2020年のコロナ禍以降は社内での集団感染を防ぐために、従業員が移動せずに済むようにシステム構築と業務効率化の取り組みを本格化
行ったこと	生産管理・生産計画に関する現状の課題を洗い出し、補助金を活用して生産管理システムや生産計画システムを新たに導入
結果	・生産計画書作成ではこれまで1人あたり平均3時間半かかっていたのが、システム導入後はわずか30分で完成できるようになった ・紙媒体の報告書の記入やデータ入力時間は、従来の1日平均5時間から1時間に短縮 ・対人接触回数は1日あたり100回から10回に削減
参照	https://portal.monodukuri-hojo.jp/pdf/goodpractice2023.pdf

北海道の林業会社｜協働ロボット導入で作業効率化・安定した樹木栽培を実現

業種	林業
補助事業名・対象類型 / 事業類型	補正ものづくり・商業・サービス生産性向上促進補助金、ものづくり技術 / 小規模型・設備投資のみ
目的・課題・経緯	業務効率化を図るため
行ったこと	協働ロボット導入で作業効率化・安定した樹木栽培の実現・環境保全への取り組み
結果	・ロボットを導入する前の2018年のコンテナ苗の生産量は年間50万本にとどまっていましたが、導入後は年間150万本になり、生産量を3倍増やすことに成功 ・樹木栽培の安定化を実現し、環境保全にも積極的な取り組みができるように
参照	https://portal.monodukuri-hojo.jp/pdf/goodpractice2023.pdf

業務改善助成金の採択事例

卸売業 | 在庫システムの入れ替えで在庫確認作業の時間と労力を削減

業種	卸売業
目的・課題・経緯	既存システムが最新OSに対応出来ないほど古くなっていた
行ったこと	業務改善助成金を活用して旧式の在庫管理システムを最新システムに入れ替え
結果	・棚卸作業の時間や労力が削減され、在庫量や在庫金額をスムーズに把握できるようになった ・さらに生産性が向上して、従業員5名の時間給を30円アップ
参照	https://jsite.mhlw.go.jp/kagawa-roudoukyoku/content/contents/001464116.pdf

宿泊業 | QRコードオーダーシステム導入で業務効率化

業種	宿泊業
目的・課題・経緯	食器洗浄・炊飯器の設定・客席オーダーの取り付けに時間がかかるため、設備投資やシステム導入による業務効率化を検討していた
行ったこと	業務改善助成金を活用して、キッチンやホールでの作業の機械化や、オーダーがスムーズにできるように取り組みを開始
結果	・おにぎり製造機を導入した結果、おにぎり製造に関わるスタッフの人数を従来の3人から1人に削減 ・QRコードオーダーシステムを新たに導入したことで注文ミスが解消され、業務負担が2割から3割程度も削減
参照	https://jsite.mhlw.go.jp/kagawa-roudoukyoku/content/contents/001464116.pdf

自社と同じ業種の採択事例を調べてみると、現状課題の解決に向けて何の目的で補助金を活用して、どのようなシステムを導入したのかがわかります。システム導入後の費用対効果やサクセスストーリーを知ることができますので、ぜひ今後の参考にしてみて下さい。

利用の注意点

システム開発で活用する補助金制度は魅力的ではありますが、申請から交付・受給までのプロセスではさまざまな注意ポイントがあります。何も知らないままで申請手続きを行うと不採択になることもあります。
ここでは、補助金の利用でつまずきやすい注意点や、事前に理解しておくべき基礎知識を交え、要点を押さえて解説します。新しいシステムを導入する際に、余分な出費を増やさなくて済むように、未然にトラブルを防ぐためにもしっかりチェックしておいて下さい。

システム開発に使えるのはいずれか1つまで

先述した通り、システム開発で補助金の活用を検討する際には、複数の補助金・助成金制度に申請することはできません。「いずれか1つのみの申請」が鉄則となっています。

申請しても審査に落ちる可能性がある

補助金制度では「申請手続きさえしておけば必ず受給できる」といった保証は一切ありません。申請後に審査が実施され、補助金制度の趣旨や目的に合致しているかなど厳格にチェックされ、審査結果が出るまでには時間がかかります。
申請した内容に間違いや不備な点があった場合は再提出を求められることもあれば、審査に落ちる可能性があります。とくに人気の高い補助金制度には、多くの企業や事業者からの応募が集中するため、競争率が高くなることがあります。

補助金の採択率は低い！最新の採択率はこちら

補助金の採択率はけっして高いものではなく、要件を満たしていても以下のような理由で審査に落ちて採択不可となるケースが多いです。

・事業プロジェクトが「趣旨に合わない」と判断され審査で不利になる (申請した内容が補助金本来の趣旨や目的に合致しない) ・事業計画の具体性や実現性に欠ける (曖昧な表現が含まれており数値的な裏付けや説得力がない) ・資金計画に無理がある (資金繰りが甘いと途中で事業がストップするリスクがあるとみなされる) ・人気の高い補助金制度に応募が集中して競争が激しい

参考までに最新情報として、各補助金制度の申請件数・交付決定数・採択率のデータを掲載しておきます。(採択率は小数点第2位を四捨五入)

▼IT導入補助金 (2024年度)

交付決定日	枠 (締切)	申請数 (件)	交付決定数 (件)	採択率 (%)
2024年4月24日	通常枠 (1次締切分)	1,576	1,189	75.4
2024年5月8日	インボイス枠 (2次締切分)	1,548	1,457	94.1
2024年5月27日	通常枠 (2次締切分)	2,335	1,760	75.4
	インボイス枠 (3次締切分)	2,061	1,944	94.3
2024年6月6日	インボイス枠 (4次締切分)	2,061	1,957	95.0
2024年6月26日	通常枠 (3次締切分)	2,912	2,206	75.8
	インボイス枠 (5次締切分)	2,830	2,666	94.2
2024年7月8日	インボイス枠 (6次締切分)	2,196	2,076	94.5
2024年7月29日	通常枠 (4次締切分)	3,286	2,521	76.7
	インボイス枠 (7次締切分)	3,151	2,924	92.8
2024年8月8日	インボイス枠 (8次締切分)	2,408	2,269	94.2
2024年8月30日	通常枠 (5次締切分)	3,577	2,762	77.2
	インボイス枠 (9次締切分)	2,978	2,766	92.9
2024年9月9日	インボイス枠 (10次締切分)	3,797	3,567	93.9
2024年10月3日	通常枠 (6次締切分)	5,881	4,648	79.0
	インボイス枠 (11次締切分)	10,043	9,036	90.0
2024年11月22日	通常枠 (7次締切分)	5,573	1,454	26.1%
	インボイス枠 (12次締切分)	11,714	1,245	10.6%

【参照】IT導入補助金2025 (更新日：2024年11月22日)

▼事業再構築補助金の採択率 (2024年度)

	成長分野進出枠		コロナ回復加速化枠		サプライチェーン強靱化枠	合計	上乗せ措置
	通常類型	GX進出類型	通常類型	最低賃金類型			卒業促進	中長期大規模賃金引上促進
電子申請システム受付件数 (件)	4,684	891	1,189	604	296	7,664	1	214
採択件数(件)	1,038	349	317	206	121	2,031	0	21
採択率 (%)	22.2	39.2	26.7	34.1	40.9	26.5	0.0	9.8

【参照】事業再構築補助金第12回公募の結果について
事業類型別の応募件数・採択件数

▼小規模事業者持続化補助金の採択率 (2024年度)

実施回	公募締切日	申請数 (件)	採択数 (件)	採択率 (%)
第15回	2024年3月14日	13,336	5,580	41.8
第16回	2024年5月27日	7,371	2,741	37.2

【参照】補助金ポータル【過去の採択結果一覧と推移】

▼ものづくり補助金の採択率 (2024年度)

	省力化（オーダーメイド）枠	製品・サービス高付加価値化枠	グローバル枠	総計
申請件数 (件)	599	5,015	163	5,777
採択件数 (件)	204	1,827	39	2,070
採択率 (%)	34.1 (%)	36.4	23.9	35.8

【参照】ものづくり補助金総合サイト　１８次締切における申請者数、採択者数

▼業務改善助成金の採択率

業務改善助成金の採択率に関しては、過去の申請件数や採択件数などのデータが公表されていません。綿密な事業計画を立て、要件を満たして必要書類を公募期間内に提出すれば、採択される可能性が高くなります。厚生労働省の公式サイトには、業務改善助成金を活用した助成事例が多数掲載されていますので、ぜひ参考にしてみて下さい。

【参照】業務改善助成金に関する事例

基本的に後払い

補助金制度では、システム開発を対象とした補助金に限らず、基本的に「後払い」となっています。
補助金制度の基本的な仕組みとして、「補助対象となる事業を手掛ける企業や事業者が先にその費用を支払い、その後に補助金が交付される」といった順序になります。
そのため、システム開発を外注する企業に支払う費用を自社で確保しておかなければなりません。とくにシステム開発の費用が高額になる場合、資金繰りには注意が必要です。

補助金の対象となる事業が完了した後は、実績報告などの行程を経て補助金が交付されます。システム開発でIT導入補助金を活用する場合、交付決定後から4ヶ月から7ヶ月程度の期間を目安に入金されます。
補助金申請から交付決定・入金までのキャッシュフロー (お金の出入りの流れ) の計画を綿密に立て、万全な資金繰り体制を維持しましょう。

書類作成に時間と手間がかかる

補助金制度は国や自治体による公的な制度であるため、各制度で定められた必要書類をすべて揃えて提出しなければなりません。一般的に補助金制度の必要書類で、代表的なものを挙げると、以下のものがあります。

・事業計画書 ・収支計画書 ・発注先のシステム開発会社から取り寄せた見積書

その他の書類は、各補助金制度や自治体によってそれぞれ異なるため、正確な情報を窓口や公式サイトでご確認下さい。とくに事業計画書の作成には時間と手間がかかります。遅くても申請締め切り日の1ヶ月前には、書類作成に着手して時間にゆとりを持たせましょう。
ただ必要書類をまとめて提出すれば採択されるのではなく、事業計画書などの書類の中身が重視されるため、専門家のアドバイスを受けながら適切に対応して下さい。

開業したばかりで交付申請時の必要書類が用意できないと申請不可

IT導入補助金の場合は、「開業したばかりの事業者でも申請要件を満たしていれば申請は可能」とされています。事業を立ち上げた時点での計画数値などのデータを参考にしながら、労働生産性の目標値を設定しておくのが重要ポイントです。
ただし、新規で事業を立ち上げて間もない企業や事業者の場合、事業経営の実績が少ないため、採択されにくく、不利になるケースもあります。納税証明書や事業計画書などの必要書類を用意できない場合は、申請不可となりますのでご注意下さい。

事業期間外の支出は経費として認められない

補助金制度では対象となる事業期間が定められており、事業期間以外の期間に支出があった場合は、「必要経費には該当しない」とみなされるため、認めてもらえません。
具体的な事例を挙げると、補助事業の対象となるシステム開発の事業期間が5月1日から11月末日までの場合、同年の5月1日以前に発生した支出は、システム開発事業の必要経費には該当しません。

補助金制度には「事業期間より以前の着手は不可、交付決定日以降に着手開始」といった厳格な規定があります。このルールに従わない場合は補助金の交付が受けられなくなるので要注意です。システム開発のスケジュールや事業開始のタイミングを入念に確認した上で、ミスのないように慎重に取り組みましょう。

「みなし法人」は申請不可

補助金制度の種類によっては、「みなし法人」は申請不可となるケースがあります。
みなし法人とは、法人格を持っていない事業体や団体であっても、税法上では法人と同じような扱いをされる個人や団体のことを指します。個人事業主・社団法人・財団法人・管理組合などがみなし法人に該当します。
補助金の対象となるのは「法人登記された中小企業」などに絞られるため、みなし法人の場合は申請しても受理されないケースが多いです。補助金活用を希望するみなし法人は、法人化への取り組みを検討して、必要な手続きを早めに済ませておくことが重要です。

申請の対象外となるケースがある

補助金制度には対象となる事業や業種について要件が定められています。以下の内容に該当する場合は、申請の対象外となる可能性が高いです。

・補助金申請の対象となる業種とは異なる ・事業所の所在地が補助金の対象外エリアである ・必要書類が用意できない (または提出後に不備があり受理されない) ・これまでに補助金を不正受給したことがある ・同一の内容で複数の補助金制度に申請した ・販路拡大や業務効率化など補助金本来の目的や主旨とは異なる場合 ・公募期間中でもすでに予算額に達した時点で申請受付終了となり対象外となる

申請対象外とは気づかずに申請手続きを行った場合は、審査に落ちる可能性や不採択になるリスクが高まり、自社の信用にも影響することがありますので要注意です。

申請する際の手順｜申請手続きから交付までの流れ

IT導入補助金・ものづくり補助金などの補助金制度を活用してシステム開発のプロジェクトを進める際には、申請手続きから交付までの正しい手順に従って各プロセスを踏むことが重要となります。申請書類に不備な点があった場合や手順にミスが生じた場合は、不採択や交付取り消しになるリスクがありますのでご注意下さい。

ただ補助金を受け取るための手続きを事務的に行うのではなく、自社のビジネス戦略や事業内容を公的機関に正しく評価されるための重要な過程となります。
システム開発を進める際の補助金申請から、事業完了後に交付を受けるまでの手順・流れについて、以下の通り8ステップに分けて詳しく解説します。

補助金を選択

補助金制度を活用するためのファーストステップとして、自社のニーズや目的、事業内容に見合う補助金を選択します。各補助金制度の公募期間 (募集期間)・補助の対象となる事業・補助対象期間・補助金の金額 (上限額・補助率など)・要件など、詳細の内容を把握します。

補助金を選定する際には、以下の重要ポイントを踏まえた上で、比較検討してみて下さい。

・補助金制度の趣旨や要件と自社の事業内容が合っているか ・申請対象の要件を自由分に満たしているか ・事業を進める上で発生する必要経費が補助金の対象となっているか

補助金選びの際にインターネットで情報を調べる場合は、信頼性の高いWebサイトから最新の情報を収集して下さい。経済産業省の公式サイト「ミラサボplus」や、独立行政法人の中小企業基盤整備機構が運営する「J-Net21」を活用するのもおすすめ。
補助金を選択する際に不明点があれば、支援機関や商工会議所で専門的な視点に基づいた提案やアドバイスを受けることで不安が解消され、申請手続きをスムーズに進めことができます。

見積もりを取得

補助金を選定したら、見積もりを取得します。補助金申請の手続きを行う際には、「システム開発にかかる費用について根拠を明確化しておくことが重視されます。
システム開発を発注する予定の制作会社やIT企業から見積書を取る際には、合計金額だけではなく、システム開発の内容・仕様・納期 (工期)・各工程の費用の内訳・発注先企業の事業者名や連絡先などの情報を盛り込んでおくのが理想的です。

見積もりを取得する際の注意点として、交付決定前に発注や契約を行った場合は補助対象外となります。システム開発を発注するタイミングを一歩間違えると、その時点で補助金申請ができなくなることを心得ておいて下さい。制作会社との契約やシステム開発の着手は、補助金交付決定後のタイミングで行うのが正しいやり方です。

申請スケジュールを確認

次に、補助金申請のスケジュールを確認します。
補助金制度には申請受付期間が設定されており、公募開始日から締め切り日までのスケジュールを確認して、期限内に申請手続きを行います。詳細情報は、各補助金の公式サイトや中小企業庁の公式サイト、商工会議所の窓口やWebサイトにてご確認下さい。
とくにニーズの高い補助金制度では1次から5次など年に複数回の公募期間が設定され、締め切り日が毎回異なるため、間違えないようにご注意下さい。

申請手続きでは事前準備が必要となるため、時間に余裕を持ち、準備期間は最低1ヶ月以上設けておくと安心です。複数の業者で相見積もりを取り揃えるまでに2週間程度、事業計画書を作成するまでに3週間程度、GビズID取得などの電子申請の準備期間として1週間程度かかります。
スケジュールを逆算しておくことで、補助金申請にベストなタイミングを見極めることができます。

必要書類を準備

補助金の申請手続きでは、所定の様式に沿った書類をすべて揃えて提出します。必要書類の種類は、利用する補助金制度や自治体によってそれぞれ違いがあります。

一般的な必要書類では、事業計画書・見積書・収支予算書・決算書・補助経費に関する誓約書などがあります。これらの必要書類をすべて揃え、記入した内容に不備な箇所がないか入念に確認します。
1箇所でも不備な点が発見された場合、書き直しや提出に時間がかかるのでご注意下さい。嘘の内容を記入して発覚した場合は、審査の対象外となることもあります。

申請

必要書類の準備ができたら、申請手続きを行います。システム開発などのIT事業で補助金制度を活用する際には、原則としてオンライン上で電子申請の手続きを行います。

オンライン申請の手続きでは、GビズID (個人・法人向けの共通認証システム)を使用して、PDFファイルなどのデジタルデータ形式での必要書類をアップロードします。オンライン申請は利便性が高く、スピーディーに完結しますが、操作に慣れていないとちょっとしたミスやデジタルデータのアップロードに漏れが生じることがあります。

オンライン申請の手続きを行った直後に、「申請受付完了」のお知らせがメールで届くのを必ずご確認下さい。
申請手続き完了後は審査が実施され、結果が通知されるまでには最短で数週間ですが、状況によっては数ヶ月かかることもあります。

採択の通知受取／交付申請

申請手続きの結果、審査をクリアした場合は、「採択通知」 (補助金給付の可否) がメールで届きます。採択通知を受け取った時点で、事業に着手する準備が整ってきます。

ただし、採択の通知を受け取った後は、交付申請の手続きが必要となるケースが多いです。交付申請の際には、事業スケジュールや見積書 (最終版) などの必要書類を提出します。その内容が認められたら、「交付決定通知書」が届きます。
交付決定通知書に記載された「交付決定日」以前に、システム開発の契約や発注、必要経費が発生した場合は、補助金の対象外と見なされるため、タイミングを間違えないように十分にご注意下さい。

事業の実施／申請

交付決定通知書に記載された「交付決定日」から、いよいよ本格的に補助事業としてシステム開発がスタートします。
当初設定したスケジュール通りに、補助事業を進めていきます。補助事業の終了日が設定されていますので、必ず期間内に実施して終了日までにすべての工程を完了させます。

この間に、必要経費など支出する証拠書類として、発注書・納品書・請求書・領収書・契約書・取引明細書などの書類を適切に管理します。補助金を申請する際には、これらの証拠書類をすべてまとめて揃えて、実績報告書を提出します。補助事業となるシステム開発の進捗状況や成果について報告書の提出が必須となる場合があります。全工程の作業が完了したら、事業実績報告書を提出します。

事業実績報告書の内容に不備な点が発見された場合は、補助金の金額が予定よりも減額され、最悪の場合は補助金の受取りができない場合があります。提出する際には間違いや不備な箇所がないように入念にご確認下さい。再提出を求められた場合、補助金の交付を受けるまでにさらに日数がかかりますので、早めに提出しましょう。

補助金の交付

事業実績報告書を提出した後、審査が実施されます。内容に不備な点がなく、問題がなければ「補助金額決定通知」が発行されます。ただし、通知を受け取ったら数日後に入金されるのではなく、「補助金支払い請求書」を提出します。その後1ヶ月程度の期間を目安に、銀行口座に補助金が振り込み (交付) されます。

利用する補助金制度によっては、交付後に成果報告やフォローアップに関する調査を要求されるケースがあります。「補助金を受け取ったらそれで完結」ではなく、情報提供にはできるだけ協力して、責任を持って適切な対応を心がけて下さい。

システム開発にまつわる疑問・よくあるご質問

システム開発でIT導入補助金や事業再構築補助金などの補助金制度の活用を検討している方から、多く寄せられた質問と回答を以下の通りまとめました。

ECサイト構築やアプリ開発にも使える？

システム開発で活用できる補助金は、ECサイトの構築・アプリ開発も対象となります。
ECサイト構築やネットショップ構築の導入を対象とした補助金制度では「IT導入補助金」があります。アプリ開発では、「ものづくり補助金」「事業再構築補助金」「小規模事業者持続化補助金」の対象となる場合があります。

具体的には以下のようなケースであれば、補助金活用の適用対象となります。

・顧客管理の業務効率化を目的としたアプリ開発 ・DX推進や顧客へのサービス品質の向上を目指すための業務用アプリの開発 ・販路開拓や販促拡大を目的としたECサイトの構築

ただし、ECサイト構築やアプリ開発を行う目的や目標、事業規模・具体的な開発内容によって、どの補助金制度が適しているのか、適切に判断しなければなりません。
どの補助金制度を選ぶべきか判断が難しい場合は、採択率が高いコンサルタントなどの専門家にサポートしてもらい、適切なアドバイスを受けておくことをおすすめします。

既存のシステムを更新するのにも使える？

既存システムの更新は、補助金の適用対象外となります。
既存システムの更新は「システムの改善と向上を図る」ことを目的としたものであるため、補助金は使えません。補助金適用の対象となるのは、新規でシステム開発を行う場合に限定されます。

既存のシステムを更新する際には、厚生労働省による業務改善助成金が適用対象となる場合があります。既存のシステムよりもさらに機能性や利便性を高めることを目的としている場合は、「業務改善」に該当するものとみなされ、助成金の対象となるケースがあります。

どこのシステム開発会社に発注してもよい？

システム開発で補助金制度を活用したい場合、システム開発会社を選ぶ際にとくに制限はないため、発注先の企業はどこでも構いません。
ただし、補助金制度には公募期間や提出する必要書類などの要件が定められています。そのため、補助金制度に関する知識のない会社や、補助金に関する相談業務や申請の経験がない会社に外注すると、手続きがスムーズに進まず、採択されない場合がありますので、おすすめできません。

システム開発で補助金制度を活用したい場合は、以下のポイントを踏まえて優良な業者を選定しましょう。

・補助金制度の目的や趣旨を正しく理解している開発会社を選ぶ ・補助金に関するコンサルティングや書類作成支援に対応できる開発会社を選ぶ ・補助金に関する相談実績が多く信頼性の高い開発会社を選ぶ

システム開発や補助金活用のご相談なら株式会社アップグレードへ

この記事では、システム開発・アプリ開発で利用できる補助金活用について、各補助金制度の概要や注意点を解説しました。
今回の記事でご紹介した補助金制度の他にも、各都道府県の自治体で地域まちづくり活性化事業やDX推進を支援するための取り組みとして、独自の補助金制度が設けられている場合があります。市区町村役場の窓口でのお問い合わせや、各自治体の公式サイト・市報を見て最新情報をご確認下さい。

各補助金制度には公募期間や補助対象期間が定められており、必要書類をすべて完璧に準備するには時間と手間がかかります。自社では対応が難しい場合は、早めに補助金制度に精通したコンサルタントや信頼のおける専門家に相談しておくことをおすすめします。

このようなお困り事ごとがありましたら、株式会社アップグレードへどうぞお気軽にお問い合わせ下さい。東京都の株式会社アップグレードでは、システム開発・アプリ開発をはじめ、ITツール導入・ホームページ制作で活用できる補助金・助成金に関するご相談に対応しています。
中小企業・小規模事業者・個人事業主・団体の方に向けて、ニーズや目的に見合う最適な提案ができますので、検討中の方はどうぞお気軽にご相談下さい。

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